用分子对接法探讨清热消 饮的抑瘤作用机制

摘要/Abstract

摘要： 目的:探讨中药验方清热消饮的抑瘤作用及其作用机制。方法:采用Accelrys 公司Cerius2 分子模拟软件包(版本4.10), 通过ligandfit 模块进行分子对接, 研究清热消饮成分及可能形成的复合物的三维结构同Bcl-xl 、TNF-α、CDK2 受体的相互作用, 在此基础上探讨清热消饮的可能抑瘤机制。结果:以Bcl-xl 、TNF-α和CDK2 为靶点, 与原配体的打分阈值对比, 从复方中分别筛出与其结合较好的成分有15 个、30 个和23 个, 其抗肿瘤作用机制可能是对肿瘤细胞直接的毒性作用和诱导肿瘤凋亡。同时, 抑制CDK2 而导致肿瘤细胞G1 期至S 期的移行阻滞。结论:分子对接法简单、方便、科学性强, 可用于中药复方机制的研究。

关键词: 分子对接, 中药验方, 凋亡, 周期, 肿瘤

Abstract: AIM: To study the effect of Qingre Xiaozheng drink (QRXZD)on tumor growth and its mechanism.METHODS: Molecular docking serves as a method to simulate the interactions of Chinese medicine small molecules and TNF-α, Bcl-xl and CDK2 receptors by ligand-fit module of the software package Cerius2 4.10 made by Accelrys company, and we may predict QRXZD on anti-tumor mechanism.RESULTS: Fifteen molecules were shown to be better interactions with Bcl-xl than an original ligand, and thirty molecules were observed to be better interactions with TNF-αthan an original ligand. The number of molecule interacting with CDK2 was twenty three.Its mechanism could be direct toxicity for tumor cells to induce apoptosis;Simultaneously the mechanism might interfere the activity of CDK2 to stop tumor cell going ahead from G1 period to S period.CONCLUSION: Molecular docking method is simple, speedy and strong scientificness, which can be used to study the mechanism of the Chinese medicine.

Key words: molecular docking, Chinese medicine, apoptosis, cycle, cancer

中图分类号:

R965.2

陈立武, 郑春松, 杜建,. 用分子对接法探讨清热消饮的抑瘤作用机制[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2007, 12(3): 324-328.

CHEN Li-wu, ZHENG Chun-song, DU Jian. Study on antitumor mechanism of Qingre Xiaozheng drink by molecular docking method[J]. Chinese Journal of Clinical Pharmacology and Therapeutics, 2007, 12(3): 324-328.

参考文献

1 李纯莲, 王希诚, 赵金城.计算机辅助药物分子对接并行演化设计[J].计算机辅助设计与图形学学报, 2005;17:168-172.
2 Fremann DM,Wenck MA, Engel JC, et al.Efficient identification of inhabits targeting the close active site conformation of the HPRT from trypanosoma cruzi[J].Chem Biol, 2000;7:957.
3 Filikov AV, Mohan V, Giffey RH, et al.Identification of ligands for RNA targets via structure-based virtual screening:HIV TAR [J].J Comput AidedMol Des, 2000;14:593.
4 Enyedy I, Ling Y, Nacro K, et al.Discovery of small molecule inhabitors Of Bcl-2 through structure-based computer screening [J].JMed Chem, 2001;44:4313.
5 徐筱杰.中药复方的计算机模拟研究[J].化学进展,1999;11:202-204.
6 魏永燕, 李培勋.中药复方现代研究新技术新方法的进展[J].中国中西医结合杂志, 2005;25:1050-1052.
7 周家驹, 谢桂荣, 严新建.中药原植物化学成分手册[M].北京:化工工业出版社, 2004.
8 黄建荣, 刘咏海, 喻志标, 等.白花蛇舌草化学成分和药理活性研究进展[J].中成药, 2005;21:1329-1331.
9 吴孔松, 张坤, 谭桂山, 等.白花蛇舌草化学成分的研究[J].中国药学杂志, 2005;40:817-818.
10 刘志刚, 罗佳波, 陈飞龙, 等.不同产地白花蛇舌草挥发性成分初步研究[J].中国新药与临床药理, 2005;16:132-134.
11 任风芝, 刘刚叁, 张丽, 等.白花蛇舌草黄酮类化学成分研究[J].中国药学杂志, 2005;40:502-504.
12 谭宁华, 王双明, 杨亚滨, 等.白花蛇舌草的抗肿瘤活性和初步化学研究[J].天然产物研究与开发, 2002;14:33-36.
13 逯萍, 戴乾圜.白花蛇舌草化学成分研究进展[J].北京工业大学学报, 2000;26:68-72.
14 刘悦, 宋少江, 徐绥绪.夏枯草的化学成分及生物活性研究进展[J].沈阳药科大学学报, 2003;20:55-59.
15 王祝举, 赵玉英, 涂光忠, 等.夏枯草化学成分的研究[J].药学学报, 1999;34:679-681.
16 徐仲仙, 周菁齐, 徐声林.近年夏枯草化学成分和生物活性研究概况[J].中成药, 1996;18:42.
17 杨靖华, 汪云松, 赵静峰, 等.半边莲属药用植物研究进展[J].云南化工, 1998;4:17-19.
18 Psotova J, Chlopcikova S, Miketova P, et al.Cytoprotectivity of Prunella vulgaris on doxorubicin-treated rat cardiomyocytes[J]. Fitoterapia, 2005;76:556-561.
19 Khan MT, Ather A, Thompson KD, et al.Extracts and molecules from medicinal plants against herpes simplex viruses[J]. Antiviral Res, 2005;67:107-119.
20 Qiao XB, Hou TJ, Zhang W, et al.A 3D structure database of components from Chinese traditional medicinal herbs[J].J Chem Inf Comput Sci, 2002;42:481-495.
21 Oltersdorf T, Elmore SW, Shoemaker AR, et al.An inhibitor of Bcl-2 family proteins induces regression of solid tumours[J]. Nature, 2005;435:677-681.
22 He M, Smith AS, Oslob JD, et al.Small-molecule inhibition of TNF-alpha[J].Science, 2005;310:1022-1025.
23 Schaefer M, Jautelat R, Brumby T, et al.From the insoluble dye indirubin towards highly active, soluble CDK2-inhibitors [J].Chembiochem, 2005;6:531-540.
24 钟苗, 雷小勇, 冯兰芳, 等.Bcl-XL siRNA 对人胃腺癌MGC2803 细胞药物敏感性的影响[J].中国临床药理学与治疗学, 2006;11:33-38.
25 刘会娟, 姜龙.细胞凋亡的分子机理及其检测方法研究进展[J].畜禽业, 2006:2:8-10.
26 杨林.Bcl-xl 阻断肿瘤坏死因子-α诱导的caspase 8 活化及细胞凋亡[J].中华肝脏病杂志, 2005;13:286-289.
27 高友兵, 熊静, 李海波, 等.肿瘤坏死因子-α诱导人胃癌细胞凋亡的实验研究[J].河南肿瘤学杂志, 2002;15:417-418.
28 Sutter MC,Wang YX.Recent cardiovascular drugs from Chinese medicine plants[J].Cardiovasc Res, 1993;27:1891-1910.
29 中国医学科学院药物研究所.中草药现代研究[M].北京:北京医科大学中国协和医科大学联合出版社, 1995.
30 季宇彬.中药抗肿瘤有效成分药理与应用[M].哈尔滨:黑龙江科学出版社, 1998.
31 Blaney JM, Dixon JS.A good ligand is hard to find:automasted docking methods[J].Perspect Drug Discov Des, 1993;1:301.
32 倪武, 周明行, 王国俊.秋水仙碱拮抗肿瘤坏死因子α的肝毒性作用[J].第二军医大学学报, 1998;19:353-355.
33 李卓娅, Gemsg D, 冯新为.秋水仙碱对肿瘤坏死因子-α基因表达的影响[J].中华和免疫学杂志, 1996;16:108.
34 Malorni W, Rainaldi G.Tumor necrosis factorαis a powerful apoptotic induce in lymphoid leukemic cells expression the P170 gluco-protein[J].Int J Cancer, 1996;67:238-247.
35 Rawadi G, Romans R, Castedo M, et al.Effects of my coplasma Formentans on the myelomonocytic lineage[J].J Immunol, 1996;156:670-678.
36 王琨, 董惠芳, 章晓鹰, 等.夏枯草对SGC-7901 细胞的影响[J].上海医学检验杂志, 2000;15:305-306.
37 Nair HK, Rao KV, Aalinkeel R, et al.Inhibition of prostate cancer cell colony formation by the flavonoid quercetin correlates with modulation of specific regulatory genes[J].Clin Diagn Lab Immunol, 2004;11:63-69.

[1]	游蓉丽, 黄玉荣, 毛睿, 海丽娜, 王颖莉, 王艳. 基于血清代谢组学与网络药理学探究复方苦参注射液治疗肺癌的作用机制[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(9): 988-999.
[2]	范杰, 金永明, 江孝龙, 蒋国华. lncRNA HOTAIR调控miR-206影响类风湿关节炎滑膜细胞增殖和凋亡的分子机制研究[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(7): 736-742.
[3]	杨晓佳, 江萌, 吴敏, 张伊黎, 吕兰, 吴嫄芬, 王鑫昱, 刘立权. 藏红花素介导DKK3调控GSK-3β/β-catenin通路对阿尔兹海默症大鼠的认知改善作用[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(5): 489-497.
[4]	李艳阳, 王云姣, 吕仕超. 中药注射液防治抗肿瘤药物心脏毒性的效应和机制[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(5): 572-577.
[5]	李若柠, 郭展立, 王媛, 孙建军. 血小板内皮聚集受体1及其介导的信号通路在血小板和内皮细胞中的作用研究进展[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(4): 438-444.
[6]	王思宇, 李佳蔚, 李程豪, 李玲, 郭晴阳, 邱璐, 周世琴, 刘永琦. 乳酸脱氢酶A在消化系统肿瘤中的作用及相关药物研究进展[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(4): 445-454.
[7]	李珊, 柳熠鑫, 任菲菲, 李相晨, 张志清. 天然植物活性成分通过下调 P-糖蛋白逆转肿瘤多药耐药的研究进展[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(3): 331-340.
[8]	侯小煜, 冷玉芳, 曹雪芬, 吕兴娇, 韩晓霞, Janvier NIBARUTA, 刘永强. 五味子乙素减轻小鼠肠缺血再灌注损伤的网络药理学分析及实验验证[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(2): 147-154.
[9]	王丹, 鄢晓丽, 张渊. 幽门螺杆菌感染影响胃癌免疫治疗的研究进展[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(2): 228-234.
[10]	王剑, 孙永东, 周兴玮, 刘雷, 陈龙, 童兴科, 朱佳丽. 黄芩素经由miR-125b-5p/IRF4轴进而促进喉癌细胞死亡并抑制其侵袭的机制研究[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(11): 1209-1218.
[11]	朱瑞芳, 郭东凯, 智慧, 江翊国, 张悦翎, 钱晓萍, 季士亮. ROS-NF-κB-p38MAPK通路探索榄香烯联合硼替佐米抗多发性骨髓瘤的机制研究[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(11): 1219-1226.
[12]	马怡彤, 马建红, 高亚婷, 刘畅. 脂肪细胞因子在子宫内膜癌中的作用及研究进展[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(11): 1315-1320.
[13]	陈玉林, 蒋虎刚, 王新强, 刘凯, 李应东, 安涛, 赵信科. 基于网络药理学和分子对接探讨芪参益心颗粒治疗射血分数保留型心力衰竭的作用机制[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(10): 1081-1092.
[14]	张威, 王鸿渊, 雷晓航, 赵英帅, 吕炜超, 张建国. 中高危膀胱癌应用卡介苗+吡柔比星与卡介苗+吉西他滨预防术后复发的效果及对血清AGR、PON1的影响[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(10): 1146-1153.
[15]	刘丹, 刘明, 金良友, 潘娟, 辛昊儒, 刘梦圆, 李鑫, 郑坤, 冯晓灵. 木香烃内酯抗肿瘤活性研究进展[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(10): 1168-1176.