基于R-Shiny实现临床试验信息检索及Meta分析的工具开发——以非小细胞肺癌为例

doi:10.12092/j.issn.1009-2501.2020.09.004

中国临床药理学与治疗学 ›› 2020, Vol. 25 ›› Issue (9): 984-991.doi: 10.12092/j.issn.1009-2501.2020.09.004

基于R-Shiny实现临床试验信息检索及Meta分析的工具开发——以非小细胞肺癌为例

于朝雷，柏建岭，于浩，赵杨

南京医科大学公共卫生学院，南京 211166，江苏

收稿日期:2020-04-21 修回日期:2020-07-15 出版日期:2020-09-26 发布日期:2020-09-30
通讯作者: 赵杨，通信作者，男，教授，研究方向：临床试验中的统计理论与方法。 E-mail: yzhao@njmu.edu.cn 于浩，共同通信作者，女，博士，教授，研究方向：临床试验中的统计理论与方法。 E-mail: haoyu@njmu.edu.cn
作者简介:于朝雷，男，硕士研究生，研究方向：临床试验中的统计理论与方法。 E-mail: zlyu@njmu.edu.cn
基金资助:
国家自然科学基金（81872709）；江苏省青蓝工程学科带头人计划；南京医科大学中青年教师支持计划

Development of tools for clinical trial information retrieval and Meta-analysis based on R-Shiny: Taking non-small cell lung cancer as an example

YU Zhaolei, BAI Jianling, YU Hao, ZHAO Yang

School of Public Health Nanjing Medical University, Nanjing 211166, Jiangsu, China

Received:2020-04-21 Revised:2020-07-15 Online:2020-09-26 Published:2020-09-30

摘要/Abstract

摘要： 目的：开发出一个能够提供图形用户界面（graphical user interface, GUI）的临床试验文章数据检索和Meta分析整合的工具。方法：使用R语言Shiny包开发并构建基于Bootstrap框架的Web应用，并基于DT、Meta、gemtc等R包完成数据检索和Meta分析功能的实现。结果：软件可以根据用户需求进行文章和变量的筛选，信息以表格形式呈现。用户也可以选择不同的试验组药物和对照组药物来进行经典Meta分析，增加或者减去不同的研究来构建药物之间的网络图进行网状Meta分析。结论：此工具界面友好、操作方便，绘图及分析结果准确，能够为研究者带来便利。

关键词: 临床试验, Meta分析, Shiny框架

Abstract: AIM: To develop a tool providing the graphical user interface (GUI), which can integrate Meta-analysis and information retrieval from clinical trials. METHODS: The Web application based on the Bootstrap framework was built with the Shiny package of R language, and the information retrieval and meta-analysis functions were implemented based on the R packages of DT, Meta, gemtc, etc. RESULTS: The tool could filter the articles and variables according to the user's requirements, and the information presented in the form of a table. Users can also select different experimental group drugs and control group drugs for classic meta-analysis, and add or subtract different studies to construct the network map between drugs for network meta-analysis. CONCLUSION: This tool has a friendly user interface, which is easy to use, accurate in analysis and drawing results, and can bring convenience to researchers.

Key words: clinical trials, Meta-analysis, Shiny framework

中图分类号:

R969

于朝雷, 柏建岭, 于浩, 赵杨. 基于R-Shiny实现临床试验信息检索及Meta分析的工具开发——以非小细胞肺癌为例[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2020, 25(9): 984-991.

YU Zhaolei, BAI Jianling, YU Hao, ZHAO Yang. Development of tools for clinical trial information retrieval and Meta-analysis based on R-Shiny: Taking non-small cell lung cancer as an example[J]. Chinese Journal of Clinical Pharmacology and Therapeutics, 2020, 25(9): 984-991.

[1]	王安婧, 王亚亚, 梁轩, 闫雅婕, 苏静, 李彩东. 基于PPAR治疗胆汁淤积性肝病的机制与药物研究进展[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(7): 796-808.
[2]	戴加惠, 孙思嘉, 解雪峰. 医疗器械临床试验质量管理及指标体系研究[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2023, 28(1): 51-58.
[3]	陈建芳, 娄冬华. 基于CDASH标准的肿瘤临床试验病例报告表设计[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2022, 27(7): 762-767.
[4]	刘星, 卢晓然, 吴影, 于海涛, 王晓敏. 人工智能应用于临床试验的伦理问题分析及对策[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2022, 27(3): 322-327.
[5]	朱丽丽, 朱秀秀, 王文俊, 张海邻, 林立. 国内儿科人群吸入制剂药物临床试验现状分析[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2022, 27(2): 178-183.
[6]	李珊珊, 顾静文, 张菁, 杨海静, 刘薇, 喻一奇, 张文宏. 新冠病毒疫苗与单克隆中和抗体各期临床试验设计及评价概述[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2022, 27(2): 190-197.
[7]	邓锟红, 刘亚昕, 孙媛媛, 陈文静, 杨楠, 胡展晴, 陈凯锋, 黄洁, 项玉霞, 阳国平. 2009－2020年药物首次人体试验设计及结果文献分析[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2022, 27(1): 77-85.
[8]	郑莹, 张玲, 姚丽, 王乾合, 朱克祥. 聚腺苷二磷酸-核糖聚合酶抑制剂在胰腺癌中的研究进展[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2022, 27(1): 108-115.
[9]	佘志华, 陈舟, 梁松岳. 基于云架构的药物临床试验伦理审查信息化体系建设[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2021, 26(9): 1023-1030.
[10]	宋岩, 高琳艳, 张艳平, 李想, 张兰. 医疗失效模式与效应分析在I期临床试验血液样本管理中的应用[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2021, 26(9): 1031-1036.
[11]	欧阳晨溪, 黄洁, 项玉霞, 王晓敏. 早期临床试验的伦理问题及对策探讨[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2021, 26(7): 802-807.
[12]	黄丽红, 王陵, 言方荣, 魏朝晖, 赵杨, 夏结来, 陈峰. 新视角解读临床试验中的意向性原则[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2021, 26(4): 449-453.
[13]	张茜, 胡伟, 余斌, 秦慧玲, 陈明壮, 鲁超. 基于文献分析法的药物临床试验信息化建设[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2021, 26(2): 182-189.
[14]	郑丽纯, 王翔, 王文梅. 重大疫情下口腔科临床试验管理策略和防控建议[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2021, 26(2): 213-216.
[15]	张苗, 刘倩, 么雪婷, 刘东阳. 基于口服吸收生理药动学模型的创新药早期临床食物影响研究探索[J]. 中国临床药理学与治疗学, 2021, 26(12): 1426-1429.

基于R-Shiny实现临床试验信息检索及Meta分析的工具开发——以非小细胞肺癌为例

Development of tools for clinical trial information retrieval and Meta-analysis based on R-Shiny: Taking non-small cell lung cancer as an example

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